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楸树基因组的Survey测序分析

为楸树的全基因组测序工作的奠定基础,申请人开展了‘豫楸1号’的survey测序研究。提取楸树叶片DNA后分别构建300bp和500bp的二代测序文库;接着利用Illumina HiseqTM4000中进行双向测序。目前survey测序已经完成50G的测序数据及数据分析,结果如下:基因组大小为876M, >500bp的scaffold共获得174,009个,GC含量为26.63%,最长序列长度为420 kb,N50长度为19 kb(表1)。目前正在进行低覆盖度的三代测序和Hic测序。

 

表1 Survey结果统计(数据未发表)

 

Items

Number

Total length (bp)

963,870,648

Number of scaffold (>500 bp))

174,009

G+C content (%)

26.63%

Max length (bp)

420,594

N50 length (bp)

19,074

 

 

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