为楸树的全基因组测序工作的奠定基础,申请人开展了‘豫楸1号’的survey测序研究。提取楸树叶片DNA后分别构建300bp和500bp的二代测序文库;接着利用Illumina HiseqTM4000中进行双向测序。目前survey测序已经完成50G的测序数据及数据分析,结果如下:基因组大小为876M, >500bp的scaffold共获得174,009个,GC含量为26.63%,最长序列长度为420 kb,N50长度为19 kb(表1)。目前正在进行低覆盖度的三代测序和Hic测序。
表1 Survey结果统计(数据未发表)
Items
|
Number
|
Total length (bp)
|
963,870,648
|
Number of scaffold (>500 bp))
|
174,009
|
G+C content (%)
|
26.63%
|
Max length (bp)
|
420,594
|
N50 length (bp)
|
19,074
|